故事发生在战国时代，出生于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎（加藤清史郎 饰），肩负着父母的期望进入了一流忍者学校——忍术学园——学习。该学园最早由天才忍者大川平次涡正（平干二朗 饰）创立，如今他虽年事已高，却仍然武功高超，而且搞怪不断。他更带领忍者学园与死对头田八方斋（松方弘树 饰）展开了连番激斗。忍术学园的学生们被称为“忍者之蛋”（简称“忍蛋”），乱太郎被编入一年叶组（一年は组），在此他结识了富商之子新兵卫（木村风太 饰）和父母双双阵亡的雾丸（林辽威 饰），三个小家伙结成了情深意笃的三人组，从此开始了他们充满补习、重考和各种失败的快乐学校生活。
某一天，四年叶组出身于理发世家的齐藤鹰丸（沟口琢矢 饰）和父亲齐藤幸隆（鹿贺丈史 饰）在家中遭到刺客万寿鸟（竹中直人 饰）、土寿鸟（石垣佑磨 饰）的袭击。原来，齐藤父子曾是八方斋麾下毒竹忍者队的成员，虽然早已脱离了这个邪恶的组织，但是忍者队还是紧追不舍，誓要取齐藤父子的性命。在这危急关头，园长和八方斋约定了一场对决，只要忍术学园能够冲入毒竹山敲响打鸣寺的大钟，忍者队就彻底放弃齐藤父子。正所谓初生牛犊不怕虎，一年级的小忍蛋们，在高年级生的支持下决定挑战这个困难而危险的对决。一方是初入学园的新生，一方是拥有丰富实战经验的专业忍者，乱太郎他们能否取得最后的胜利呢
2011年夏天，令大人和小孩都乐享其中的国民级动画《忍者乱太郎》终于推出真人电影版，带给忍Fan们难以忘怀的假日享受。影片改编自漫画家尼子骚兵卫连载长达26年之久的人气漫画《落第忍者乱太郎》，迄今48卷总共销售超过800万册。动画版一经推出迅速红遍全国，自1993年开播以来已连续放映19年。此次真人电影版推出，更立志再现动画版的快乐氛围。
主演乱太郎一角的是凭借大河剧《天地人》而广为人知的童星加藤清史郎，这将是他首次在大银幕中担当主角一职。与之配戏的还有37个年龄在8~10岁的小孩子，甘心为孩子们充当绿叶的则有寺岛进、平干二朗、松方弘树、竹中直人、中村狮童、石桥莲司、柄本明、山本耕史等广泛活跃于电影、电视各个领域的人气明星，大人孩子们共同构成了多达80人的超豪华表演阵容。
导演方面请来了日本电影导演的代表性人物三池崇史，这位蜚声国际的鬼才导演洗去千禧年之前的暴戾和血腥，制作出越来越多温馨有趣的合家欢电影，如早先的《妖怪大战争》、《小双侠》等。此外，他凭借《十三人刺客》、《一命》等根据经典翻拍而成的时代剧大制作在国内外都赢得了广泛赞许，票房和口碑方面更是双双飘红。谈到当下的电影，三池痛感“现在没有能让人欢呼雀跃的电影了”，因此他试图“制作一部从大人到孩子都能乐在其中的家庭电影”，并为他们注入“成长的勇气与希望”。而乱太郎和他的小伙伴们，在严苛的现实下虽然遭遇种种失败却从不气馁，叶组顽强乐观的精神势将感染所有的人。
《忍者乱太郎》于2011年8月23日在日本218块银幕上公映，23、24两日动员近8万人入场观看，首周初登场位列第4名，观众满意度排名第3。另据消息，海外已有70多个国家表达了购买意向，好莱坞也决定对《忍者乱太郎》进行翻拍。
电影取材自原著漫画1、2卷中的故事。
改编成动画时，因NHK对“落第”一词有所忌讳，故更名为《忍者乱太郎》。
《忍者乱太郎》虽问世二十多年，但迄今为止只推出了两部动画电影版，而且今年早些时候上映的动画电影版还是首部长篇制作。
《忍者乱太郎》从主创到演员许多沿用了《十三刺客》的原班人马。
为了劝说尼子骚兵卫出让版权，制片人中泽殷勤邀请他来《十三刺客》的片场参观。看到三池崇史认真工作的样子，尼子骚兵卫终于同意让三池担当《忍者乱太郎》真人电影版的导演。
事实上，该片最先确定的主角是加藤清史郎，而导演人选迟迟未决，因为加藤必须等到放暑假才有档期。
2011年6月29日，三池崇史、寺岛进、松方弘树饮酒对谈，三池爆料“若不是华纳参与发行《忍者乱太郎》差点儿就不能实现全国公映，”并戏言，“就跟看不起加藤清史郎似的！”
7月23日首映式，适逢松方弘树69岁的生日，主办方还专门制作了一个八方斋形状的生日蛋糕。
饰演新兵卫的木村风太本人并没有那么胖，拍摄时衣服里塞了许多填充物，结果捂出一身痱子，拍摄结束后还瘦了两公斤。
作为阪神队的超级粉丝，加藤清史郎以乱太郎的装扮走入4万人的体育场，参加了开球仪式，一圆心中的梦想。
影片最初完成时长达3小时50分钟。
片中有许多惊险镜头需要替身演员来完成，不过在三池的责令下，寺岛进的镜头全都亲自披挂上阵。
扮演女忍教师的中村玉绪称，三池崇史经常不按剧本而即兴拍摄的方式和其亡夫胜新太郎非常相似。
平干二朗和松方弘树的扮相是本片一大亮点，平干化完妆后，连东映摄影所最熟捻的人都认不出他来；松方的“大头”每次演出则要准备3个小时。
影片主题歌为动画版主题歌《勇气100%》。
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